Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,659,572	C→T	A98A (GCC→GCT)	ynfD →	hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,659,572	0	C	T	100.0%	157.2 / NA	87	A98A (GCC→GCT)	ynfD	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/87);  total (0/87)

GTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACAC  >  W3110S.gb/1659526‑1659587                                               |                gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:55201/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:68217/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:67884/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:66248/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:61090/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:59450/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:58698/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:57351/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:573/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:55374/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:68305/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:51709/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:51347/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:10360/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:50596/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:50313/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:49925/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:48729/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:46579/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:82237/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:9154/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:9096/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:88443/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:88362/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:88173/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:87725/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:87616/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:87304/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:84946/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:50674/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:8200/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:804/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:7488/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:73809/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:72626/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:72467/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:70856/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:68422/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:21640/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:32972/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:31473/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:31006/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:45506/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:26989/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:25446/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:25417/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:25346/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:24882/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:27717/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:20995/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:17873/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:17155/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:15569/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:14547/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:12507/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:10810/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:10671/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:44602/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:34006/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:43679/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:4352/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:43350/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:41123/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:40109/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:36272/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:38027/62‑1 (MQ=255) gTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:38097/62‑1 (MQ=255)  tAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:23696/61‑1 (MQ=255)  tAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:16790/61‑1 (MQ=255)  tAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:86269/61‑1 (MQ=255)  tAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:3976/61‑1 (MQ=255)  tAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:8478/61‑1 (MQ=255)  tAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:38370/61‑1 (MQ=255)  tAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:80318/61‑1 (MQ=255)  tAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:80076/61‑1 (MQ=255)  tAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:73052/61‑1 (MQ=255)  tAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:35738/61‑1 (MQ=255)  tAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:35490/61‑1 (MQ=255)  tAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:71070/61‑1 (MQ=255)  tAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:60737/61‑1 (MQ=255)  tAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:34683/61‑1 (MQ=255)  tAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:63096/61‑1 (MQ=255)  tAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:67314/61‑1 (MQ=255)     cGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:67445/58‑1 (MQ=255)           tGCTCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:82291/52‑1 (MQ=255)              tCCCGCGCAGTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:68254/49‑1 (MQ=255)                       gTCTACCCAGGATAACGCGCCTGCTGAACCGCAGTAacac  <  1:12810/40‑1 (MQ=25)                                               |                GTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACAC  >  W3110S.gb/1659526‑1659587

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑