Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,661,595	C→T	L605L (CTG→TTA)	ynfE →	oxidoreductase subunit

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,661,595	0	C	T	98.3%	105.2 / ‑5.8	60	L605L (CTG→TTA)	ynfE	oxidoreductase subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base T (0/59);  minor base A (0/1);  total (0/60)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GCGTTACCGTCTTACGACGAACTGAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATGG  >  W3110S.gb/1661574‑1661635                      |                                         gCGTTACCGTCTTTCGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:52555/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:66728/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:11036/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:50169/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:51906/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:52856/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:54818/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:59542/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:60008/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:60759/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:61244/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:62385/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:64747/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:65569/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:6653/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:49115/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:68043/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:73302/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:73626/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:74783/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:75316/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:75899/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:79164/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:79254/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:79389/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:79552/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:80516/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:83899/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:86339/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:88252/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:31232/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:12441/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:17391/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:17511/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:17937/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:18640/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:21080/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:21779/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:22599/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:25552/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:28451/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:28792/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:28945/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:48804/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:31249/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:31863/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:32016/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:33863/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:34753/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:38001/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:40466/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:40830/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:42005/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:42403/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:45691/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:47259/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:48080/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:48613/62‑1 (MQ=255) gCGTTACCGTCTTACGACGAAATAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:77970/62‑1 (MQ=255)             tACGACGAATTAAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATgg  <  1:22047/50‑1 (MQ=255)                      |                                         GCGTTACCGTCTTACGACGAACTGAAAAAAATGGGTATCTATAAGCGTAAAGATCCCAATGG  >  W3110S.gb/1661574‑1661635

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑