Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,838,041	A→T	A85A (GCA→GCT)	ynjB →	conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,838,041	0	A	T	100.0%	34.3 / NA	22	A85A (GCA→GCT)	ynjB	conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (0/22);  total (0/22)

GACCGAAGCCGCAGCCGGACGTAAAACGGGCGGCTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGC  >  W3110S.gb/1838029‑1838089             |                                                 gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:51372/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:938/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:75823/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:73724/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:7206/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:70920/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:690/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:6735/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:6676/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:63858/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:60441/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:18004/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:50099/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:49870/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:4868/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:38714/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:35642/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:33303/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:28822/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:19067/61‑1 (MQ=38) gACCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:18147/61‑1 (MQ=38)  aCCGAAGTTGCTGCCGGACGTAAAACGGGCGGTTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGc  <  1:37943/60‑1 (MQ=38)             |                                                 GACCGAAGCCGCAGCCGGACGTAAAACGGGCGGCTCGGTGGATCTGCTCTGGGTGAACGGC  >  W3110S.gb/1838029‑1838089

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑