Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,017,316	T→C	T100T (ACT→ACC)	fliG →	flagellar motor switching and energizing component

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,017,316	0	T	C	100.0%	47.6 / NA	28	T100T (ACT→ACC)	fliG	flagellar motor switching and energizing component
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/28);  total (0/28)

GCCGCCAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACTCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCT  >  W3110S.gb/2017284‑2017345                                 |                              gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:55574/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:9317/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:87636/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:82826/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:80545/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:79803/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:77095/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:66238/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:66061/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:65105/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:64364/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:60971/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:58879/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:18139/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:50761/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:47951/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:45458/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:408/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:37326/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:26947/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:24344/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:20987/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:19649/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCACCGGTATTGAAACGCt  <  1:24215/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAAACCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:61610/62‑1 (MQ=255) gccgccAGCCTGCTGGAAGATATGCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:24268/62‑1 (MQ=255)  ccgccAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:36806/61‑1 (MQ=255)         ccTGCTGGAAGATATTCTCGAAACCCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCt  <  1:20427/54‑1 (MQ=255)                                 |                              GCCGCCAGCCTGCTGGAAGATATTCTCGAAACTCGCGATACCGCCAGCGGTATTGAAACGCT  >  W3110S.gb/2017284‑2017345

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑