Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,076,111 C→T G812G (GGC→GGT)  flu → antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,076,1110CT98.7% 119.2 / NA 78G812G (GGC→GGT) fluantigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base T (0/77);  minor base G (0/1);  total (0/78)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

CTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGC  >  W3110S.gb/2076083‑2076144
                            |                                 
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cttcCGTTGATGTAAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:53117/62‑1 (MQ=255)
ctaccGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:65371/59‑1 (MQ=255)
 ttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:41220/61‑1 (MQ=255)
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 ttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTGCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:57128/61‑1 (MQ=255)
 ttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGGTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:46709/61‑1 (MQ=255)
          tGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:74197/52‑1 (MQ=255)
           gTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:69004/51‑1 (MQ=255)
            ttAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:50777/50‑1 (MQ=255)
                   tgatgaCGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:1220/43‑1 (MQ=38)
                       gaCGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:41611/39‑1 (MQ=38)
                         cGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:26991/37‑1 (MQ=38)
                            |                                 
CTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGC  >  W3110S.gb/2076083‑2076144

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑