Predicted mutation
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RA	W3110S.gb	2,076,117	T→C	R814R (CGT→CGC)	flu →	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,076,117	0	T	C	100.0%	145.6 / NA	78	R814R (CGT→CGC)	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/78);  total (0/78)

CTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGC  >  W3110S.gb/2076083‑2076144                                   |                            cttcCGTTGATGTTTAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:75818/62‑1 (MQ=255) cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:61689/62‑1 (MQ=255) cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:70102/62‑1 (MQ=255) cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:68904/62‑1 (MQ=255) cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:68700/62‑1 (MQ=255) cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:66050/62‑1 (MQ=255) cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:65339/62‑1 (MQ=255) cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:64369/62‑1 (MQ=255) cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc  <  1:62888/62‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑