| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,335,211 | T→C | pseudogene (3862/4605 nt) pseudogene (3862/4104 nt) |
yfaS ← yfaS ← |
ECK2220:JW2222+JW2221:b4500; hypothetical protein ECK2220:JW2222:b2228; hypothetical protein, N‑ter fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,335,211 | 0 | T | C | 98.0% | 90.6 / ‑5.7 | 49 | pseudogene (3862/4605 nt) pseudogene (3862/4104 nt) | yfaS yfaS | ECK2220:JW2222+JW2221:b4500; hypothetical protein ECK2220:JW2222:b2228; hypothetical protein, N‑ter fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (48/0); minor base G (1/0); total (49/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCAGCGCGCGCTCAATAGTGGATTGCTCAGCGGTCAAACCACTTAAAATAGCGGCCGTCTG > W3110S.gb/2335153‑2335214 | gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGGCTg > 1:79411/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:66978/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:5316/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:53209/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:53403/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:55871/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:56424/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:5712/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:5923/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:60416/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:60499/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:63938/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:64791/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:65538/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:50765/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:6851/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:68739/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:70297/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:73324/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:74111/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:77719/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:80053/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:80139/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:81632/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:81733/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:31420/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:15518/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:1611/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:1734/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:1905/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:20428/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:24925/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:25909/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:2782/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:27872/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:27890/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:29321/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:1332/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:32454/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:32654/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:33369/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:33930/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:36944/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:37060/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:3758/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:42703/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:43547/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:4794/1‑62 (MQ=255)gCCAACGCGCGCTCAATGGTGGATTGCTCAGCGGTTAAACCACTTAAAATAGCGGCCGCCTg > 1:49575/1‑62 (MQ=255) | GCCAGCGCGCGCTCAATAGTGGATTGCTCAGCGGTCAAACCACTTAAAATAGCGGCCGTCTG > W3110S.gb/2335153‑2335214 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |