Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,337,375	T→A	pseudogene (1698/4605 nt) pseudogene (1698/4104 nt)	yfaS ← yfaS ←	ECK2220:JW2222+JW2221:b4500; hypothetical protein ECK2220:JW2222:b2228; hypothetical protein, N‑ter fragment

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,337,375	0	T	A	100.0%	65.4 / NA	37	pseudogene (1698/4605 nt) pseudogene (1698/4104 nt)	yfaS yfaS	ECK2220:JW2222+JW2221:b4500; hypothetical protein ECK2220:JW2222:b2228; hypothetical protein, N‑ter fragment
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base A (0/37);  total (0/37)

ACAACCGACTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCAGTACTTAATGAGTAATGCGCCAGACC  >  W3110S.gb/2337331‑2337392                                             |                  acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:77013/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:49493/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:49766/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:57342/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:57965/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:65628/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:67197/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:67638/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:72062/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:75152/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:48845/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:77870/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:8136/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:82129/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:82845/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:85487/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:86167/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:86814/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:87567/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:29441/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:16190/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:16607/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:16993/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:20501/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:20603/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:21857/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:27338/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:138/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:31256/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:32609/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:40836/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:42590/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:42764/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:43916/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:4829/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:48301/62‑1 (MQ=255)                      cTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:27799/41‑1 (MQ=25)                                             |                  ACAACCGACTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCAGTACTTAATGAGTAATGCGCCAGACC  >  W3110S.gb/2337331‑2337392

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑