Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,340,591	C→T	A242T (GCA→ACC)	yfaA ←	hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,340,591	0	C	T	100.0%	138.8 / NA	75	A242T (GCA→ACC)	yfaA	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (75/0);  total (75/0)

GCCAAAGCTTGCTTGCCAGCGTTTTTTGCCGCTCAACAAATCACCTGCGATCGCCGTGGCTT  >  W3110S.gb/2340580‑2340641            |                                                   gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACTACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:8066/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACGACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:33254/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAAt                       >  1:35935/1‑41 (MQ=16) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:65872/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:66233/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:65773/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:65284/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:63326/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:63029/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:60811/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:60307/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:59726/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:56868/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:56251/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:54437/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:52681/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:52348/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:52005/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:51546/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:475/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:79287/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:9064/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:8808/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:87401/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:87332/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:87318/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:86191/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:8619/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:82299/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:80783/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:66068/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:78339/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:71669/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:71554/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:71465/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:68940/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:68702/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:67444/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:42999/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:21144/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:27562/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:27199/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:26011/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:24158/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:24016/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:22968/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:22726/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:22682/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:28056/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:19210/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:18567/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:18137/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:17766/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:17691/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:17521/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:16633/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:16525/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:39099/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:11812/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:42153/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:41965/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:41628/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:41516/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:41083/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:40299/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:39649/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:44680/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:36136/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:36100/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:35216/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:34076/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:32710/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:31533/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACCACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:30035/1‑62 (MQ=255) gCCAAAGCGGGTTTCCCAGCGTTTTTTACAACTCAACAAATCACTTGCGATCGCCGTAGCtt  >  1:28434/1‑62 (MQ=255)            |                                                   GCCAAAGCTTGCTTGCCAGCGTTTTTTGCCGCTCAACAAATCACCTGCGATCGCCGTGGCTT  >  W3110S.gb/2340580‑2340641

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑