Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,370,304	A→G	intergenic (‑14/‑276)	ais ← / → yfbE	conserved hypothetical protein/uridine 5'‑(beta‑1‑threo‑pentapyranosyl‑4‑ulose diphosphate) aminotransferase, PLP‑dependent

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,370,304	0	A	G	98.8%	160.8 / ‑5.8	83	intergenic (‑14/‑276)	ais/yfbE	conserved hypothetical protein/uridine 5'‑(beta‑1‑threo‑pentapyranosyl‑4‑ulose diphosphate) aminotransferase, PLP‑dependent
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  major base G (0/82);  minor base T (0/1);  total (0/83)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01

CTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTAC  >  W3110S.gb/2370284‑2370345                     |                                          cTAACGCGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:3970/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTATACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:19036/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTTTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:62443/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAAGCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:48487/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCCGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:82967/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTTAAATTGAGCGAc  <  1:43100/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:50288/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:53942/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:53939/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:53615/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:52418/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:52409/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:52381/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:51237/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:55452/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:45284/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:44179/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:49720/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:45008/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:47215/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:47002/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:46576/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:4573/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:72827/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:8728/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:86743/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:84945/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:79721/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:76988/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:76189/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:74616/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:74558/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:73381/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:54735/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:6652/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:64882/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:62311/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:62021/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:61917/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:61497/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:59707/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:42372/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:17653/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:25730/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:2415/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:24148/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:23135/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:21197/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:19623/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:19194/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:18390/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:1827/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:10008/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:17529/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:17423/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:15651/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:15584/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:15425/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:11354/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:10700/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:10252/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:35812/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:4288/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:42345/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:41492/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:40831/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:39475/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:39103/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:38882/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:38835/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:25922/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:35528/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:34527/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:32631/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:31183/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:27812/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:27749/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:27654/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:27198/62‑1 (MQ=255) cTAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:2688/62‑1 (MQ=255)  tAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:74004/61‑1 (MQ=255)  tAACACGTAAACTCCACCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:11687/61‑1 (MQ=255)                 aCCTGTAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCGAc  <  1:25738/46‑1 (MQ=255)                     |                                          CTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTAC  >  W3110S.gb/2370284‑2370345

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑