Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,436,521 A→G L204L (TTG→CTC)  dedD ← conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,436,5210AG98.8% 164.3 / NA 86L204L (TTG→CTC) dedDconserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/1);  new base G (0/85);  total (0/86)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01

TTCGGCGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGTTGCTTCAACTCACCCAGCG  >  W3110S.gb/2436472‑2436532
                                                 |           
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACTCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:15687/61‑1 (MQ=255)
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ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTTAGCTCACCCAGCg  <  1:769/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:59866/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:69964/61‑1 (MQ=255)
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ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:69155/61‑1 (MQ=255)
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ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:66396/61‑1 (MQ=255)
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ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:59814/61‑1 (MQ=255)
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ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:50871/61‑1 (MQ=255)
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ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:30456/61‑1 (MQ=255)
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ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:29038/61‑1 (MQ=255)
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ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:49158/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:19895/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:18648/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:1517/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:145/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:1444/61‑1 (MQ=255)
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ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:36111/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:49576/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:49055/61‑1 (MQ=255)
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ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:41798/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:41221/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:35878/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:39273/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:37172/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAACTCACCCAGCg  <  1:24337/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGACAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:25646/61‑1 (MQ=255)
 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:84179/60‑1 (MQ=255)
 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:83948/60‑1 (MQ=255)
 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:80585/60‑1 (MQ=255)
 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:80170/60‑1 (MQ=255)
 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:28644/60‑1 (MQ=255)
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 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:38994/60‑1 (MQ=255)
 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:7680/60‑1 (MQ=255)
 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:4158/60‑1 (MQ=255)
  cGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAggg  <  1:31270/59‑3 (MQ=255)
  cGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:17025/59‑1 (MQ=255)
                     aCGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:14895/40‑1 (MQ=255)
                          aCTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:36200/35‑1 (MQ=25)
                          aCTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:87718/35‑1 (MQ=25)
                                                 |           
TTCGGCGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGTTGCTTCAACTCACCCAGCG  >  W3110S.gb/2436472‑2436532

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑