Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,489,051	C→T	intergenic (‑266/‑150)	emrK ← / → evgA	EmrKY‑TolC multidrug resistance efflux pump, membrane fusion protein component/DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with EvgS

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,489,051	0	C	T	100.0%	76.6 / NA	45	intergenic (‑266/‑150)	emrK/evgA	EmrKY‑TolC multidrug resistance efflux pump, membrane fusion protein component/DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with EvgS
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/45);  total (0/45)

TGTTGACATTTCATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGA  >  W3110S.gb/2489040‑2489100            |                                                  tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAggt  <  1:30476/61‑2 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:72382/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:49334/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:56330/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:57933/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:61556/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:63296/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:67043/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:67260/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:68616/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:69328/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:47934/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:7518/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:75713/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:76444/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:78334/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:784/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:78427/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:8104/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:83884/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:88013/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:28236/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:13809/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:18399/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:19040/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:19879/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:21141/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:25527/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:25941/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:28223/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:47730/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:37838/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:39214/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:39243/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:42032/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:43254/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:45211/61‑1 (MQ=255) tgttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:47201/61‑1 (MQ=255)  gttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:36761/60‑1 (MQ=255)  gttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:32002/60‑1 (MQ=255)  gttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:74324/60‑1 (MQ=255)  gttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:74456/60‑1 (MQ=255)  gttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:24831/60‑1 (MQ=255)  gttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:52609/60‑1 (MQ=255)  gttgACATTTTATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGa  <  1:1314/60‑1 (MQ=255)            |                                                  TGTTGACATTTCATTTATGCCGACTATTTATATGGTATACTTGTCGAATTATCTTAAAGGA  >  W3110S.gb/2489040‑2489100

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑