Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,500,087	G→A	intergenic (‑239/‑57)	yfdX ← / → ypdI	hypothetical protein/predicted lipoprotein involved in colanic acid biosynthesis

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,500,087	0	G	A	100.0%	75.6 / NA	44	intergenic (‑239/‑57)	yfdX/ypdI	hypothetical protein/predicted lipoprotein involved in colanic acid biosynthesis
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (44/0);  total (44/0)

AGAGATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATGTAAATACAGCCATAAC  >  W3110S.gb/2500042‑2500103                                              |                 agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCGATAAc  >  1:47397/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATaa   >  1:39043/1‑61 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATaa   >  1:38328/1‑61 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:69479/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:63056/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:63829/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:63951/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:64258/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:64499/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:66414/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:68820/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:68949/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:62698/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:70408/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:70468/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:70470/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:7329/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:77649/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:78641/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:83165/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:87417/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:8903/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:9549/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:9724/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:36883/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:14966/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:18773/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:22373/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:26085/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:29356/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:30959/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:33236/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:33316/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:36712/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:63055/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:36954/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:37213/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:38532/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:42791/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:52646/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:52741/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:52792/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:60112/1‑62 (MQ=255) agatATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATATAAATACAGCCATAAc  >  1:11732/1‑62 (MQ=255)                                              |                 AGAGATGTCATTTATTATATCGATGTAAATACTGATTAATTAAATGTAAATACAGCCATAAC  >  W3110S.gb/2500042‑2500103

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑