Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,518,328	T→C	intergenic (‑176/‑160)	mntH ← / → nupC	manganese/divalent cation transporter/nucleoside (except guanosine) transporter

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,518,328	0	T	C	100.0%	63.8 / NA	36	intergenic (‑176/‑160)	mntH/nupC	manganese/divalent cation transporter/nucleoside (except guanosine) transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/36);  total (0/36)

CATTTACATAACTTTCAGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTA  >  W3110S.gb/2518316‑2518361             |                                  caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:73523/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:11440/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:36445/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:40961/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:45130/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:50514/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:56937/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:65621/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:71231/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:36384/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:75626/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:81723/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:83029/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:8415/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:88345/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:9685/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:998/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:9997/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:20621/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:12262/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:12383/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:12446/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:14033/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:1465/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:15992/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:18727/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:20137/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:31994/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:22465/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:24389/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:24524/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:27926/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:28225/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:29705/46‑1 (MQ=255) caTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:30347/46‑1 (MQ=255)  aTTTACATAACCTTCCGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTa  <  1:38966/45‑1 (MQ=255)             |                                  CATTTACATAACTTTCAGCTTCCATACACAACATAGCAGAAATGTA  >  W3110S.gb/2518316‑2518361

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑