Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,648,139	A→G	V935V (GTT→GTC)	yfhM ←	conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,648,139	0	A	G	98.9%	165.8 / NA	89	V935V (GTT→GTC)	yfhM	conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  major base G (88/0);  minor base C (1/0);  total (89/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GAGCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATAACCTGACCGTAAATATCG  >  W3110S.gb/2648111‑2648157                             |                   gagCTGCCAGACGCCCCTGCCCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:343/1‑47 (MQ=38) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTaaa       >  1:38008/1‑42 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTa         >  1:31485/1‑40 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAatatag  >  1:9739/1‑45 (MQ=38) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAATTATCg  >  1:6029/1‑47 (MQ=38) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATc   >  1:32292/1‑46 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATc   >  1:51383/1‑46 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATc   >  1:82120/1‑46 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATc   >  1:18459/1‑46 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:62576/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:71115/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:68931/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:68494/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:67855/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:66734/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:65462/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:64010/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:63043/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:6282/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:56316/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:6203/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:6149/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:60123/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:59976/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:59839/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:56379/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:9834/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:78265/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:10932/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:8946/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:87694/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:8761/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:85976/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:83688/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:83052/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:81839/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:79681/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:78629/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:72104/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:78118/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:77644/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:7631/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:76157/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:75560/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:74918/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:74640/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:74091/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:72454/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:17585/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:54841/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:28249/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:28197/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:25328/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:24989/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:23278/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:20386/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:20214/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:19417/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:28283/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:1725/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:14571/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:13424/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:12995/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:12468/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:12304/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:11746/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:11661/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:33417/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:52898/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:51435/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:50878/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:48383/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:48296/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:4737/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:47189/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:45145/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:42926/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:42573/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:40043/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:39585/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:38616/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:38416/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:37785/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:37733/1‑47 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACCCTAAATATc   >  1:13826/1‑46 (MQ=38) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACCTGACAGTAAATATCg  >  1:18417/1‑47 (MQ=38) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATGACATGACCGTAAATATCg  >  1:30394/1‑47 (MQ=38) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATCACCTGAc             >  1:21340/1‑36 (MQ=255) gagCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAAGGACCTGACCGTAAATATCg  >  1:49471/1‑47 (MQ=38)                             |                   GAGCTGCCAGACGCCCCTGACCTTCAATAACCTGACCGTAAATATCG  >  W3110S.gb/2648111‑2648157

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑