Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,230,668	C→T	A116A (GCC→GCT)	fadH →	2,4‑dienoyl‑CoA reductase, NADH and FMN‑linked

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,230,668	0	C	T	100.0%	65.9 / NA	37	A116A (GCC→GCT)	fadH	2,4‑dienoyl‑CoA reductase, NADH and FMN‑linked
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (37/0);  total (37/0)

TGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCCCCGTCCGCATTGCAGGCCCCC  >  W3110S.gb/3230628‑3230689                                         |                      tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:75884/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:51231/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:52867/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:61826/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:64439/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:65081/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:65326/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:68078/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:70731/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:50946/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:81590/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:82096/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:83685/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:84056/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:84304/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:85389/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:87419/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:1193/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:48512/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:46917/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:16473/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:40250/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:39992/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:3655/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:34214/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:19749/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:50430/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:24199/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:26630/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:25945/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccccc  >  1:25892/1‑62 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGcccc   >  1:27369/1‑61 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGcccc   >  1:74511/1‑61 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGcccc   >  1:10263/1‑61 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATTGCAGGccc    >  1:3159/1‑60 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTCCGCATAGCAGGccc    >  1:21724/1‑60 (MQ=255) tGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCTCCCTACGCATTGCAGGcccc   >  1:55441/1‑61 (MQ=255)                                         |                      TGCATACCGGGCGCTACAGCTACCAACCGCATCTGGTCGCCCCGTCCGCATTGCAGGCCCCC  >  W3110S.gb/3230628‑3230689

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑