Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,402,432 T→A V252V (GTA→GTT)  yhdA ← conserved inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,402,4320TA98.8% 143.5 / NA 81V252V (GTA→GTT) yhdAconserved inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  major base A (80/0);  minor base C (1/0);  total (81/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

CATCATCACGATCCCGTGGGTACCTACTTTCTCCTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAT  >  W3110S.gb/3402408‑3402469
                        |                                     
catcatcaCGATCCCGTGTGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:19066/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCCACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:42073/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAGCGTTGCTAACTGAt  >  1:1226/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAAc               >  1:67402/1‑49 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTg    >  1:10131/1‑60 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGag  >  1:61291/1‑61 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGa   >  1:54748/1‑61 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGa   >  1:85930/1‑61 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGa   >  1:31329/1‑61 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGa   >  1:77980/1‑61 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGa   >  1:27904/1‑61 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:64062/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:53830/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:66911/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:66798/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:65885/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:65022/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:64372/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:9751/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:59624/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:59345/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:58596/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:55229/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:54982/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:54496/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:79479/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:970/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:9490/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:88312/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:87497/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:85382/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:84566/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:81879/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:8/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:70853/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:79234/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:7861/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:77526/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:76275/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:74760/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:71826/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:71657/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:71531/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:22973/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:53772/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:35700/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:28617/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:28165/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:27943/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:27837/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:27681/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:27433/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:2584/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:36235/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:21628/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:21532/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:17464/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:17367/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:17163/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:17060/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:13256/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:13044/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:48054/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:53054/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:52728/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:52662/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:52470/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:52439/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:52048/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:50938/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:48916/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:39885/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:47663/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:47656/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:46415/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:43848/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:43095/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:41313/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:40858/1‑62 (MQ=255)
catcatcaCGATCCCGTGGGTACAAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:44638/1‑62 (MQ=255)
cataatcaCGATCCCGTGGGTACCAACTTTCTCTTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAt  >  1:9670/1‑62 (MQ=255)
                        |                                     
CATCATCACGATCCCGTGGGTACCTACTTTCTCCTGATCTTCCAGTAACGTTGCTAACTGAT  >  W3110S.gb/3402408‑3402469

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑