Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	350,549	A→T	A37A (GCA→GCT)	prpD →	2‑methylcitrate dehydratase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	350,549	0	A	T	100.0%	74.7 / NA	43	A37A (GCA→GCT)	prpD	2‑methylcitrate dehydratase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (0/43);  total (0/43)

AGCTCTAAAGTGGCCTACGACACCGCACATTACTGCCTGCTCGACACGCTCGGCTGCGGTCT  >  W3110S.gb/350523‑350584                           |                                    aGCTCCAGAGTAGCCTACGACAGCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:74610/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:74378/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:55547/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:62317/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:64771/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:64825/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:66314/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:6832/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:6883/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:6899/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:7035/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:72318/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:53964/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:75015/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:76040/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:77779/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:7842/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:83828/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:86368/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:86991/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:9516/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:35069/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:12348/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:14410/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:17234/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:20410/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:24226/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:24278/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:25040/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:26054/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:27412/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:3384/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:10516/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:35249/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:37110/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:38792/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:41552/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:44290/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:45339/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:45595/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:46986/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGTCt  <  1:49527/62‑1 (MQ=255) aGCTCCAGAGTAGCCTACGACACCGCTCATTACTGCCTGCTTGACACGCTCGGCTGCGGGCt  <  1:71491/62‑1 (MQ=255)                           |                                    AGCTCTAAAGTGGCCTACGACACCGCACATTACTGCCTGCTCGACACGCTCGGCTGCGGTCT  >  W3110S.gb/350523‑350584

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑