Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,486,340	T→A	intergenic (+106/‑76)	ppc → / → yijP	phosphoenolpyruvate carboxylase/conserved inner membrane protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,486,340	0	T	A	100.0%	53.8 / NA	31	intergenic (+106/‑76)	ppc/yijP	phosphoenolpyruvate carboxylase/conserved inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base A (0/31);  total (0/31)

ATTCAAATTCTGAATATACCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGATAT  >  W3110S.gb/3486333‑3486393        |                                                      aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:57702/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:88616/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:82663/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:82559/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:74821/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:7467/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:73592/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:71713/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:69303/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:68620/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:6715/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:67084/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:64125/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:61972/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:61222/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:602/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:14087/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:46256/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:40886/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:38707/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:3516/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:28950/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:27309/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:25380/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:23784/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:21804/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:17565/61‑1 (MQ=255) aTTCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:16673/61‑1 (MQ=255)  ttCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:52371/60‑1 (MQ=255)  ttCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:14992/60‑1 (MQ=255)   tCAAAATCTGGATATCCCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGatat  <  1:41860/59‑1 (MQ=255)        |                                                      ATTCAAATTCTGAATATACCTTCAGATATCCTTAAGGAATTGTCGTTACATTCGGCGATAT  >  W3110S.gb/3486333‑3486393

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑