Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,512,431	C→T	T69T (ACC→ACT)	cytR →	DNA‑binding transcriptional dual regulator

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,512,431	0	C	T	100.0%	109.1 / NA	61	T69T (ACC→ACT)	cytR	DNA‑binding transcriptional dual regulator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/61);  total (0/61)

GGGCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACCAT  >  W3110S.gb/3512399‑3512433                                 |   gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:72775/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:44512/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:44938/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:46038/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:46360/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:48165/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:50071/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:53862/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:54282/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:56904/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:60918/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:61172/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:63159/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:65720/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:67551/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:72052/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:43643/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:73289/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:73932/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:7395/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:76862/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:76926/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:77801/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:78311/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:82809/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:83584/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:85772/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:87621/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:8794/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:88477/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:9331/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:24338/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:10785/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:11610/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:16220/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:16261/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:18662/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:18678/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:18809/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:19137/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:19238/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:19727/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:21015/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:21060/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:21474/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:21757/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:10766/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:26168/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:27298/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:29953/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:3083/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:32566/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:33145/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:35909/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:36088/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:36183/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:36301/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:37505/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:41866/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:42456/35‑1 (MQ=255) gggCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACTAt  <  1:4347/35‑1 (MQ=255)                                 |   GGGCGCAACGTCAAGCGTAATGAATCCCGCACCAT  >  W3110S.gb/3512399‑3512433

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑