Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,522,662	T→C	L152L (TTG→CTA)	fpr →	ferredoxin‑NADP reductase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,522,662	0	T	C	100.0%	117.4 / NA	61	L152L (TTG→CTA)	fpr	ferredoxin‑NADP reductase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (61/0);  total (61/0)

TGCCGCCGACTTAAGCTATTTGCCACTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAAGGAAAAC  >  W3110S.gb/3522643‑3522704                    |                                           tGCCGCCGACTTAAGCTATCTTCCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:72797/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGGAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:16829/1‑62 (MQ=25) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGCACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:67459/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGaaaaa                  >  1:84964/1‑46 (MQ=38) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGgaaa   >  1:35479/1‑61 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGgaaa   >  1:5611/1‑61 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGgaaa   >  1:76566/1‑61 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGgaaa   >  1:16896/1‑61 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGgaaa   >  1:15302/1‑61 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGgaaa   >  1:88422/1‑61 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGgaaa   >  1:87272/1‑61 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:7243/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:9277/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:58181/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:60421/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:6120/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:62580/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:6620/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:67016/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:67754/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:67932/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:68508/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:69404/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:87992/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:73464/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:54767/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:74465/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:74963/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:76165/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:79790/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:80290/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:85309/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:40812/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:11005/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:11612/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:15226/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:17567/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:20940/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:21438/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:22056/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:22158/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:23410/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:24147/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:31866/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:55930/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:41661/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:4280/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:43071/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:43191/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:4394/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:44104/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:49617/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:49929/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:50268/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:50658/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:53322/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:54356/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:10476/1‑62 (MQ=255) tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACATCTGATGCAGGAACTGGAAAAAc                 >  1:31970/1‑47 (MQ=25) agccgccGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:7513/2‑62 (MQ=255) agccgccGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:88277/2‑62 (MQ=255)                    |                                           TGCCGCCGACTTAAGCTATTTGCCACTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAAGGAAAAC  >  W3110S.gb/3522643‑3522704

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑