Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,522,664 G→A L152L (TTG→CTA)  fpr → ferredoxin‑NADP reductase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,522,6640GA98.4% 106.3 / ‑5.8 61L152L (TTG→CTA) fprferredoxin‑NADP reductase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  major base A (60/0);  minor base T (1/0);  total (61/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TGCCGCCGACTTAAGCTATTTGCCACTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAAGGAAAAC  >  W3110S.gb/3522643‑3522704
                     |                                        
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTTCCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:72797/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGGAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:16829/1‑62 (MQ=25)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGCACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:67459/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGaaaaa                  >  1:84964/1‑46 (MQ=38)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGgaaa   >  1:35479/1‑61 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGgaaa   >  1:5611/1‑61 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGgaaa   >  1:76566/1‑61 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGgaaa   >  1:16896/1‑61 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGgaaa   >  1:15302/1‑61 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGgaaa   >  1:88422/1‑61 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGgaaa   >  1:87272/1‑61 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:7243/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:9277/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:58181/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:60421/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:6120/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:62580/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:6620/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:67016/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:67754/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:67932/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:68508/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:69404/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:87992/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:73464/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:54767/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:74465/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:74963/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:76165/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:79790/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:80290/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:85309/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:40812/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:11005/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:11612/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:15226/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:17567/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:20940/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:21438/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:22056/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:22158/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:23410/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:24147/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:31866/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:55930/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:41661/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:4280/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:43071/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:43191/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:4394/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:44104/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:49617/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:49929/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:50268/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:50658/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:53322/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:54356/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:10476/1‑62 (MQ=255)
tGCCGCCGACTTAAGCTATCTACATCTGATGCAGGAACTGGAAAAAc                 >  1:31970/1‑47 (MQ=25)
agccgccGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:7513/2‑62 (MQ=255)
agccgccGACTTAAGCTATCTACCTCTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAGGGGAAAc  >  1:88277/2‑62 (MQ=255)
                     |                                        
TGCCGCCGACTTAAGCTATTTGCCACTGATGCAGGAACTGGAAAAACGCTACGAAGGAAAAC  >  W3110S.gb/3522643‑3522704

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑