Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,944,060	A→C	intergenic (‑101/‑172)	bcsE ← / → yhjR	conserved hypothetical protein/conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,944,060	0	A	C	100.0%	133.6 / NA	69	intergenic (‑101/‑172)	bcsE/yhjR	conserved hypothetical protein/conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base C (69/0);  total (69/0)

ACTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGAAGGTCACAAGACGTGTGATTTTAGTCTTT  >  W3110S.gb/3944028‑3944089                                 |                              aCTTATCATATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:75640/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAg                     >  1:81683/1‑43 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTa        >  1:51327/1‑56 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:57382/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:66645/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:64422/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:63773/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:63118/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:59545/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:59262/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:5778/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:67512/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:56974/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:5661/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:56389/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:55582/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:54283/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:11528/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:66794/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:53616/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:69463/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:70013/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:70463/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:71151/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:72166/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:76303/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:78168/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:78258/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:78414/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:78948/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:80106/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:81912/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:86980/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:5161/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:11551/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:14570/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:20398/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:20866/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:24713/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:27001/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:27983/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:28272/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:30142/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:30683/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:31887/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:32346/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:32636/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:33763/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:35186/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:41075/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:52415/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:50945/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:49266/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:49042/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:48809/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:46796/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:436/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:37405/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:39678/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:39071/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:38804/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:38656/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:37487/1‑62 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCtt   >  1:76186/1‑61 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCtt   >  1:44865/1‑61 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCtt   >  1:33279/1‑61 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCtt   >  1:67546/1‑61 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCtt   >  1:82132/1‑61 (MQ=255) aCTTATCAGATTTAGCAGCTGAATCAATTTAGCAGGTCACAAGACATGTGATTTTAGTCttt  >  1:59919/1‑62 (MQ=255)                                 |                              ACTTATCAGATTTAGCATGTGAATCAATTTAGAAGGTCACAAGACGTGTGATTTTAGTCTTT  >  W3110S.gb/3944028‑3944089

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑