Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	4,031,180	A→C	T7T (ACT→ACG)	yhhQ ←	conserved inner membrane protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	4,031,180	0	A	C	100.0%	79.8 / NA	44	T7T (ACT→ACG)	yhhQ	conserved inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base C (0/44);  total (0/44)

ATAGCGTTGAGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCTT  >  W3110S.gb/4031171‑4031210          |                               ataGCGTTGCGTTTGCGAGTAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:4277/40‑1 (MQ=38) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:73461/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:59585/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:60873/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:60937/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:61279/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:63503/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:64736/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:70917/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:71202/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:71205/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:71704/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:57316/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:74263/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:75067/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:75915/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:76046/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:80409/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:81927/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:82504/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:8368/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:8517/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:85499/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:37667/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:12210/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:14195/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:16307/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:19450/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:19562/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:21062/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:21073/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:28528/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:32095/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:35010/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:10645/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:44267/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:45367/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:46647/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:47529/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:53654/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:54231/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:54669/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:55321/40‑1 (MQ=255) ataGCGTTGCGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCtt  <  1:55821/40‑1 (MQ=255)          |                               ATAGCGTTGAGTTTGCGAGAAAACGTTCATATTGTACCTT  >  W3110S.gb/4031171‑4031210

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑