Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,572,893 C→T Q103Q (CAG→CAA)  yjiO ← multidrug efflux system protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,572,8930CT100.0% 144.4 / NA 77Q103Q (CAG→CAA) yjiOmultidrug efflux system protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (77/0);  total (77/0)

CAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAACTGTGTC  >  W3110S.gb/4572838‑4572899
                                                       |      
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cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:6104/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:64687/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:64365/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:64284/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:6414/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:62852/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:61895/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:61213/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:6928/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:58362/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:56527/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:55816/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:55789/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:55248/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:55206/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:55169/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:49254/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:73685/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:86857/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:86560/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:82689/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:82501/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:82328/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:80704/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:79045/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:78303/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:66301/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:7339/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:72502/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:71223/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:70654/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:70585/1‑62 (MQ=255)
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cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:69362/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:44366/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:18443/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:28977/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:26387/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:26363/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:25108/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:2469/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:22087/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:20763/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:19421/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:1941/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:30305/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:18328/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:18205/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:1434/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:14319/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:13957/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:12871/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:10712/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:1017/1‑62 (MQ=255)
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cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:43742/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:43682/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:38131/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:37137/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:36927/1‑62 (MQ=255)
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cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:3568/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:10089/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:34181/1‑62 (MQ=255)
cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:33753/1‑62 (MQ=255)
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cAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:32738/1‑62 (MQ=255)
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cAACGGCGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTc  >  1:56099/1‑62 (MQ=255)
                                                       |      
CAACGGTGGCAATAAAACAGATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAACTGTGTC  >  W3110S.gb/4572838‑4572899

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑