Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 962,785 2 bp→CG coding (369‑370/1674 nt) rpsA → 30S ribosomal subunit protein S1

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb962,7850GC98.8% 164.9 / ‑5.8 85E123D (GAG→GAC) rpsA30S ribosomal subunit protein S1
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  major base C (84/0);  minor base A (1/0);  total (85/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01
*W3110S.gb962,7860CG100.0% 159.9 / NA 85L124V (CTG→GTT) rpsA30S ribosomal subunit protein S1
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base G (85/0);  total (85/0)

GTTATCAACGGCAAAGTTAAGGGCGGCTTCACTGTTGAGCTGAACGGTATTCGTGCGTTCCT  >  W3110S.gb/962747‑962808
                                      ||                      
gtTATCAGCGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:85091/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTcc   >  1:88088/1‑61 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTcc   >  1:34625/1‑61 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTcc   >  1:26496/1‑61 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:5720/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:66733/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:6333/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:62660/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:62648/1‑62 (MQ=255)
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gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:60998/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:6086/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:57389/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:71093/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:55077/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:54974/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:54058/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:53350/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:52900/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:51789/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:51355/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:51138/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:82084/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:88527/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:87257/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:87001/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:85313/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:84817/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:83710/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:83/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:82483/1‑62 (MQ=255)
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gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:80826/1‑62 (MQ=255)
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gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:76706/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:76069/1‑62 (MQ=255)
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gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:72962/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:71111/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:50094/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:70421/1‑62 (MQ=255)
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gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:33078/1‑62 (MQ=255)
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gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:32253/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:31481/1‑62 (MQ=255)
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gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:27962/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:27476/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:26582/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:25832/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:25678/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:3327/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:21151/1‑62 (MQ=255)
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gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:18125/1‑62 (MQ=255)
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gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:1188/1‑62 (MQ=255)
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gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:43840/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:43313/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:43047/1‑62 (MQ=255)
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gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:41236/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:4079/1‑62 (MQ=255)
gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGCTTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGCGTTCCt  >  1:10094/1‑62 (MQ=255)
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gtTATCAACGGTAAGGTTAAAGGCGGATTCACTGTCGACGTTAACGGCATCCGTGc        >  1:63177/1‑56 (MQ=255)
                                      ||                      
GTTATCAACGGCAAAGTTAAGGGCGGCTTCACTGTTGAGCTGAACGGTATTCGTGCGTTCCT  >  W3110S.gb/962747‑962808

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑