Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,337,337	2 bp→AG	pseudogene (1735‑1736/4605 nt) pseudogene (1735‑1736/4104 nt)	yfaS ← yfaS ←	ECK2220:JW2222+JW2221:b4500; hypothetical protein ECK2220:JW2222:b2228; hypothetical protein, N‑ter fragment

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,337,337	0	G	A	100.0%	63.8 / NA	36	pseudogene (1736/4605 nt) pseudogene (1736/4104 nt)	yfaS yfaS	ECK2220:JW2222+JW2221:b4500; hypothetical protein ECK2220:JW2222:b2228; hypothetical protein, N‑ter fragment
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*	W3110S.gb	2,337,338	0	A	G	100.0%	66.6 / NA	36	pseudogene (1735/4605 nt) pseudogene (1735/4104 nt)	yfaS yfaS	ECK2220:JW2222+JW2221:b4500; hypothetical protein ECK2220:JW2222:b2228; hypothetical protein, N‑ter fragment
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/36);  total (0/36)

ACAACCGACTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCAGTACTTAATGAGTAATGCGCCAGACC  >  W3110S.gb/2337331‑2337392       ||                                                       acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:77013/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:49766/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:57342/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:57965/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:65628/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:67197/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:67638/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:72062/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:75152/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:49493/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:77870/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:8136/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:82129/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:82845/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:85487/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:86167/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:86814/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:87567/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:31256/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:16190/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:16607/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:16993/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:20501/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:20603/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:21857/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:27338/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:29441/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:138/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:32609/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:40836/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:42590/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:42764/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:43916/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:4829/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:48301/62‑1 (MQ=255) acaACCAGCTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCGGTACTTAAAGAGTAATGCGCCAGGcc  <  1:48845/62‑1 (MQ=255)       ||                                                       ACAACCGACTCGCCGCTATTACTGTATTGTGCGGCAGTACTTAATGAGTAATGCGCCAGACC  >  W3110S.gb/2337331‑2337392

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑