Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,992,726	2 bp→GC	intergenic (‑837/+39)	arsR ← / ← gor	DNA‑binding transcriptional regulator/glutathione oxidoreductase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,992,726	0	A	G	100.0%	184.8 / NA	98	intergenic (‑837/+40)	arsR/gor	DNA‑binding transcriptional regulator/glutathione oxidoreductase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (98/0);  total (98/0)
*	W3110S.gb	3,992,727	0	T	C	100.0%	191.8 / NA	98	intergenic (‑838/+39)	arsR/gor	DNA‑binding transcriptional regulator/glutathione oxidoreductase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (98/0);  total (98/0)

GATAGCGGAAACGTAATTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGC  >  W3110S.gb/3992711‑3992772                ||                                              gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAg                    >  1:43430/1‑44 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACg   >  1:48765/1‑61 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:56767/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:67014/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:66142/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:64987/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:64246/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:62663/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:62527/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:60975/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:60512/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:60485/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:57684/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:57604/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:57014/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:67035/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:56456/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:54306/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:5423/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:53294/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:52078/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:5199/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:50194/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:49151/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:48596/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:77759/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:88529/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:84564/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:84402/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:82932/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:82863/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:81539/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:80697/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:79771/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:78984/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:78643/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:78273/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:78043/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:47799/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:77581/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:75771/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:75308/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:75193/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:7444/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:73227/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:73098/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:71453/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:70038/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:68980/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:67600/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:18774/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:27751/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:27405/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:27352/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:26494/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:26250/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:2556/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:25483/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:24355/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:24198/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:23729/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:23430/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:28521/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:17417/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:16380/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:16367/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:16160/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:15356/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:15306/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:15292/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:14401/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:12756/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:10948/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:10947/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:37069/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:46754/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:46309/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:45326/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:4464/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:44414/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:40673/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:38214/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:37850/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:37669/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:37525/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:10049/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:36306/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:36064/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:35530/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:35331/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:3470/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:34294/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:32708/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:31826/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:30841/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:30468/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:2948/1‑62 (MQ=255) gATAGCGGAAACGTAGCTAAGGGCAAACAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGc  >  1:40120/1‑62 (MQ=255)                ||                                              GATAGCGGAAACGTAATTAAGGGCTAAGAGCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGC  >  W3110S.gb/3992711‑3992772

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑