| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 314453 = | 45 (0.940) | 109 (2.360) +TC |
17/106 | 0.0 | 81.6% | coding (873/888 nt) | eaeH | attaching and effacing protein, pathogenesis factor |
| ? | W3110S.gb | 3932930 = | 6 (0.120) | coding (219/1608 nt) | dppA | dipeptide transporter | |||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
TGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/314513‑314453‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATA > W3110S.gb/3932930‑3932985 ||| TGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:2847120/62‑1TGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:2389354/62‑1TGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:744851/62‑1TGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:481674/62‑1 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑A < 1:3319055/62‑1 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑A < 1:3837621/62‑1 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑A < 1:1958423/62‑1 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑A < 1:3982582/62‑1 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑A < 1:1518110/62‑1 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑A < 1:1472405/62‑1 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑A < 1:4118313/62‑1 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑A < 1:4179714/62‑1 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑A < 1:3196384/62‑1 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑A < 1:4580731/62‑1 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑A < 1:49489/62‑1 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑A < 1:2251332/62‑1 GTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AG > 1:1566321/1‑62 GTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AG > 1:869089/1‑62 TCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGT < 1:1893432/62‑1 CACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑Aagt < 1:3082857/62‑4 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT > 1:927824/1‑56 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT > 1:3625768/1‑56 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT > 1:3664876/1‑56 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT > 1:792969/1‑56 CCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGAT > 1:378701/1‑62 CCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGAT > 1:1799280/1‑62 CCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGAT > 1:3197940/1‑62 CCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGAT > 1:648466/1‑62 CCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGAT > 1:2508463/1‑62 tTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGAT < 1:3144474/61‑1 CTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGAT < 1:3981259/62‑1 CTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGAT < 1:4094818/62‑1 CTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGAT < 1:824635/62‑1 TCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:434144/53‑1 TCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:4353330/53‑1 TCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:1037779/53‑1 TCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:2605118/53‑1 TCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:1480773/53‑1 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTC > 1:4290468/1‑62 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑A > 1:262292/1‑47 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑A > 1:302011/1‑47 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:3516205/1‑46 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:106330/1‑46 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:1607276/1‑46 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTAATGCTGGGTAAGATC > 1:2064374/1‑46 ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:673773/1‑39 ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:1048831/1‑39 ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:395157/1‑39 ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:3992002/1‑39 ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:2772831/1‑39 ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:1372065/1‑39 ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:646512/1‑39 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:2462725/1‑38 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:1087023/1‑38 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:367209/1‑38 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:3622919/1‑38 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:3550859/1‑38 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:3517783/1‑38 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:1413292/1‑38 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:906619/1‑38 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:2786167/1‑38 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:2420111/1‑38 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:2862747/1‑38 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:2685764/1‑38 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTG > 1:21698/1‑60 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTG > 1:3655709/1‑60 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTG > 1:423663/1‑60 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTG > 1:191155/1‑60 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCG < 1:4445969/49‑1 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCG < 1:1003225/49‑1 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCG < 1:624152/49‑1 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCG < 1:3055119/49‑1 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCG < 1:2907865/49‑1 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCG < 1:2078071/49‑1 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCG < 1:3369477/49‑1 CCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAA < 1:1460807/60‑1 CGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTC > 1:2694656/1‑62 CGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTC > 1:3451707/1‑62 CGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTC > 1:3601492/1‑62 CGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTC > 1:3545681/1‑62 CGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGT < 1:2141448/61‑1 CGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAA < 1:3019276/59‑1 CGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGAGGGAAGTC > 1:1133238/1‑62 TGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAA < 1:1447137/55‑1 CACTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAG < 1:2265188/61‑1 CTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGAC > 1:1053517/1‑61 CTATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGAC > 1:1210916/1‑61 TATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGG < 1:2739257/62‑1 TATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGG < 1:2872602/62‑1 TATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACG > 1:2441460/1‑61 TATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACG > 1:1238011/1‑61 TATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACG > 1:171892/1‑61 TATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGAC > 1:3819348/1‑60 TATTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGGGGGAAGTCAGCGAAGACGG < 1:3486045/62‑1 ATTGCTGTGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGG < 1:1185385/61‑1 TTGCTGGGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGT > 1:338841/1‑61 GGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACC > 1:1583185/1‑61 GGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACC > 1:1927240/1‑61 GGTAAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACC > 1:1991810/1‑61 AAGATC‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATA < 1:2679408/62‑1 ||| TGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/314513‑314453‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATA > W3110S.gb/3932930‑3932985 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |