| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,137,236 | 0 | G | A | 63.3% | 21.1 / 28.5 | 30 | Q32Q (CAG→CAA) | flgH | flagellar protein of basal‑body outer‑membrane L ring |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/0); new base A (0/19); total (11/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.83e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.19e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGCTTGTTGGTGCTTTCACTAACCGGCTGCGCCTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTGCAGGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCGACGCCCGTCGCCAACGGTTC > W3110S.gb/1137177‑1137289 | aGCTTGTTGGTGCTTTCACTAACCGGCTGCGCCTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTGCAggg > 1:1491820/1‑62 (MQ=255)aGCTTGTTGGTGCTTTCACTAACCGGCTGCGCCTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTGCAggg > 1:3567201/1‑62 (MQ=255) tgttgGTGCTTTCACTAACCGGCTGCGCCTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTGCAGGGGGCg > 1:2073123/1‑62 (MQ=255) tgttgGTGCTTTCACTAACCGGCTGCGCCTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTGCAGGGGGCg > 1:4401290/1‑62 (MQ=255) tgttgGTGCTTTCACTAACCGGCTGCGCCTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTGCAGGGGGCg > 1:1032082/1‑62 (MQ=255) ccTGTATACCCTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:1334822/62‑1 (MQ=255) ccTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTGCAGGGGGCGACCAg > 1:1347344/1‑40 (MQ=255) ccTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTGCAGGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg > 1:2171459/1‑62 (MQ=255) ccTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:1116174/62‑1 (MQ=255) ccTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:735837/62‑1 (MQ=255) ccTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:655969/62‑1 (MQ=255) ccTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:851932/62‑1 (MQ=255) ccTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:4593295/62‑1 (MQ=255) ccTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:4262100/62‑1 (MQ=255) ccTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:3634147/62‑1 (MQ=255) ccTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:905107/62‑1 (MQ=255) ccTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:2887964/62‑1 (MQ=255) ccTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:2833776/62‑1 (MQ=255) ccTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:2499649/62‑1 (MQ=255) ccTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:1487107/62‑1 (MQ=255) cTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:2841728/61‑1 (MQ=255) aTACCCTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:2125279/57‑1 (MQ=255) cccTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:3864881/54‑1 (MQ=255) cccTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:676832/54‑1 (MQ=255) ccTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:846159/53‑1 (MQ=255) cTCCACGCCGCTGGTGCAGGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCGACGCCCGTc > 1:2943360/1‑61 (MQ=255) cTCCACGCCGCTGGTGCAGGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCGACGCCCGTc > 1:4229599/1‑61 (MQ=255) cTCCACGCCGCTGGTGCAGGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCGACGCCCGTc > 1:2766203/1‑61 (MQ=255) cTCCACGCCGCTGGTACAAGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCg < 1:962390/52‑1 (MQ=255) cTGGTGCAGGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCGACGCCCGTCGCCAACGGTTc > 1:626185/1‑62 (MQ=255) cTGGTGCAGGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCGACGCCCGTCGCCAACGGTTc > 1:3060057/1‑62 (MQ=255) cTGGTGCAGGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCGACGCCCGTCGCCAACGGTTc > 1:2778571/1‑62 (MQ=255) | AGCTTGTTGGTGCTTTCACTAACCGGCTGCGCCTGGATACCCTCCACGCCGCTGGTGCAGGGGGCGACCAGTGCACAACCGGTTCCCGGTCCGACGCCCGTCGCCAACGGTTC > W3110S.gb/1137177‑1137289 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |