| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,552,890 | 0 | C | T | 54.9% | 13.3 / 96.8 | 71 | L258L (CTG→TTG) | murP | fused predicted enzyme IIBC components of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/16); new base T (0/39); total (16/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.61e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCCCGCATTGAAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCTTGCGTACC > W3110S.gb/2552836‑2552935 | gcCCGCATTGAAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTc > 1:339907/1‑62 (MQ=255)gcCCGCATTGAAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTc > 1:461241/1‑62 (MQ=255)gcCCGCATTGAAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTc > 1:343676/1‑62 (MQ=255)gcCCGCATTGAAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTc > 1:2119701/1‑62 (MQ=255) cccGCATTGAAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTc < 1:3871867/61‑1 (MQ=255) cccGCATTGAAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTc < 1:2880765/61‑1 (MQ=255) cccGCATTGAAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTc < 1:2658946/61‑1 (MQ=255) cccGCATTGAAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTc < 1:3388693/61‑1 (MQ=255) cccGCATTGAAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTc < 1:3476210/61‑1 (MQ=255) cccGCATTGAAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTc < 1:3762833/61‑1 (MQ=255) cccGCATTGAAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTc < 1:1858115/61‑1 (MQ=255) cccGCATTGAAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTc < 1:1732829/61‑1 (MQ=255) cccGCATTGAAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTc < 1:4499498/61‑1 (MQ=255) cccGCATTGAAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTc < 1:461321/61‑1 (MQ=255) aaGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCAcc > 1:3641523/1‑62 (MQ=255) aaGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCAcc > 1:1497991/1‑62 (MQ=255) aaGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCAcc > 1:881859/1‑62 (MQ=255) tGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCctgctg > 1:3685546/1‑62 (MQ=255) ggTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGa < 1:2422436/62‑1 (MQ=255) ggTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGa < 1:1374632/62‑1 (MQ=255) gTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGa < 1:3735999/61‑1 (MQ=255) gcTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGc > 1:4247066/1‑61 (MQ=255) gcTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCt > 1:1079824/1‑62 (MQ=255) gcTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCt > 1:569226/1‑62 (MQ=255) gcTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCt > 1:824244/1‑62 (MQ=255) gcTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCt > 1:2668729/1‑62 (MQ=255) gcTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCt > 1:1959163/1‑62 (MQ=255) gcTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCt > 1:2648795/1‑62 (MQ=255) gcTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGATAATCACCCTGCTGATCACCGCt > 1:207488/1‑62 (MQ=255) cGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCTTGCGTAcc < 1:4110886/62‑1 (MQ=255) cGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCTTGCGTAcc < 1:1082259/62‑1 (MQ=255) cGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCTTGCGTAcc < 1:579235/62‑1 (MQ=255) cGACCTCGACTTGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3549965/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:4386772/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:4083935/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:445035/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:1704277/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:4531507/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:1322371/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:1281151/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:4627348/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:4632867/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:497931/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:1095029/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:71250/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:744109/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:816951/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:838146/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:870098/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:929153/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:977791/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:255424/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:2975328/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:2992041/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3010145/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3139334/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3269706/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3354780/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:33566/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:2554882/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:1916142/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:2533433/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3522461/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:2399199/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3643478/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3651552/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:2381637/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:2167970/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3779449/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:4011923/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTAAGCt < 1:1029687/54‑1 (MQ=255) | GCCCGCATTGAAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCTTGCGTACC > W3110S.gb/2552836‑2552935 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |