| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,552,898 | 0 | G | A | 69.0% | 73.8 / 48.5 | 58 | S260S (TCG→TCA) | murP | fused predicted enzyme IIBC components of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/6); new base A (0/40); total (12/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.08e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCTTGCGTACC > W3110S.gb/2552846‑2552935 | aaGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCAcc > 1:3641523/1‑62 (MQ=255)aaGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCAcc > 1:881859/1‑62 (MQ=255)aaGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCAcc > 1:1497991/1‑62 (MQ=255) tGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCctgctg > 1:3685546/1‑62 (MQ=255) ggTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGa < 1:1374632/62‑1 (MQ=255) ggTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGa < 1:2422436/62‑1 (MQ=255) gTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGa < 1:3735999/61‑1 (MQ=255) gcTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGc > 1:4247066/1‑61 (MQ=255) gcTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCt > 1:569226/1‑62 (MQ=255) gcTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCt > 1:2668729/1‑62 (MQ=255) gcTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCt > 1:2648795/1‑62 (MQ=255) gcTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCt > 1:1079824/1‑62 (MQ=255) gcTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCt > 1:1959163/1‑62 (MQ=255) gcTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCt > 1:824244/1‑62 (MQ=255) gcTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGATAATCACCCTGCTGATCACCGCt > 1:207488/1‑62 (MQ=255) cGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCTTGCGTAcc < 1:1082259/62‑1 (MQ=255) cGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCTTGCGTAcc < 1:579235/62‑1 (MQ=255) cGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCTTGCGTAcc < 1:4110886/62‑1 (MQ=255) cGACCTCGACTTGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3549965/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:4531507/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3779449/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:929153/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:4011923/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:4083935/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:870098/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:4386772/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:445035/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:4627348/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:4632867/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:838146/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:497931/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:977791/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:71250/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:744109/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:816951/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3643478/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:1095029/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:1281151/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:1322371/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:1704277/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:1916142/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:2167970/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:2381637/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:2399199/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:2533433/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:255424/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:2554882/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:2975328/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:2992041/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3010145/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3139334/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3269706/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3354780/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:33566/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3522461/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3651552/54‑1 (MQ=255) cGACCTCGACATGCTGTTGACCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTAAGCt < 1:1029687/54‑1 (MQ=255) aCCTCATTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCt < 1:3297732/35‑1 (MQ=255) | AAGGCATGGTGCGCCGCTTTATGCCGGACGATCTCGACATGCTGCTGACCTCGTTAATCACCCTGCTGATCACCGCTACGCTTGCGTACC > W3110S.gb/2552846‑2552935 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |