Predicted mutation
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RA	W3110S.gb	1,088,483	C→T	Q599Q (CAG→CAA)	ycdR ←	predicted enzyme associated with biofilm formation

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*	W3110S.gb	1,088,483	0	C	T	100.0%	214.3 / NA	66	Q599Q (CAG→CAA)	ycdR	predicted enzyme associated with biofilm formation
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (20/46);  total (20/46)

GCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCG  >  W3110S.gb/1088425‑1088535                                                           |                                                     gCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTg                                                    <  1:2233350/61‑1 (MQ=255) gCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTg                                                    <  1:4166690/61‑1 (MQ=255) gCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTg                                                    <  1:3985222/61‑1 (MQ=255)       cATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATg                                             >  1:3560055/1‑62 (MQ=255)       cATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATg                                             >  1:563798/1‑62 (MQ=255)         tttttCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGtt                                           >  1:1357913/1‑62 (MQ=255)         tttttCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGtt                                           >  1:8160/1‑62 (MQ=255)           tttCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGtttt                                         <  1:3621933/62‑1 (MQ=255)           tttCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGtttt                                         <  1:4226490/62‑1 (MQ=255)           tttCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGtttt                                         <  1:411790/62‑1 (MQ=255)           tttCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGtttt                                         <  1:2681567/62‑1 (MQ=255)           tttCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGtttt                                         <  1:2691886/62‑1 (MQ=255) 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          tttCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGtttt                                         <  1:4525695/62‑1 (MQ=255)           tttCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGtttt                                         <  1:4634444/62‑1 (MQ=255)           tttCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGtttt                                         <  1:1518912/62‑1 (MQ=255)           tttCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGtttt                                         <  1:4708704/62‑1 (MQ=255)           tttCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGtttt                                         <  1:106593/62‑1 (MQ=255)           tttCTGCCAGTTTTGTGCCGGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGtttt                                         <  1:1236549/62‑1 (MQ=255)            ttCTGCGAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTGTTTAGCTTGAGGGATGtttt                                         <  1:3290251/61‑1 (MQ=255)               tGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTaa                                      <  1:920812/61‑1 (MQ=255)                 ccAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAAt                                     >  1:2090951/1‑60 (MQ=255)                 ccAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAAt                                     >  1:4006025/1‑60 (MQ=255)                 ccAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAAt                                     >  1:1645764/1‑60 (MQ=255)                 ccAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAAt                                     >  1:46581/1‑60 (MQ=255)                 ccAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAAt                                     >  1:104628/1‑60 (MQ=255)                      tttGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGtttt                                         <  1:4402213/51‑1 (MQ=255) 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                                    cTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGttt                                          <  1:1498489/35‑1 (MQ=255)                                     cTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGttt                                          <  1:811251/35‑1 (MQ=255)                                     cTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGttt                                          <  1:2767292/35‑1 (MQ=255)                                     cTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGttt                                          <  1:650693/35‑1 (MQ=255)                                     cTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGttt                                          <  1:568377/35‑1 (MQ=255)                                     cTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGttt                                          <  1:2624736/35‑1 (MQ=255)                                     cTAAAATAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGttt                                          <  1:1485480/35‑1 (MQ=255)                                         aaTAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTaa                                      >  1:3225065/1‑35 (MQ=255)                                         aaTAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTaa                                      >  1:2842122/1‑35 (MQ=255)                                         aaTAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTaa                                      >  1:1441915/1‑35 (MQ=255)                                         aaTAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCAtt           >  1:1484366/1‑62 (MQ=255)                                         aaTAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCAtt           >  1:1007825/1‑62 (MQ=255)                                         aaTAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCAtt           >  1:1782291/1‑62 (MQ=255)                                         aaTAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCAtt           >  1:4093162/1‑62 (MQ=255)                                         aaTAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCAtt           >  1:3760420/1‑62 (MQ=255)                                         aaTAGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCAtt           >  1:297589/1‑62 (MQ=255)                                            aGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTg          >  1:2577572/1‑60 (MQ=255)                                            aGATTTGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTg          >  1:1047649/1‑60 (MQ=255)                                                ttGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGc    <  1:4594878/62‑1 (MQ=255)                                                ttGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGc    <  1:1884031/62‑1 (MQ=255)                                                ttGTCTTTAGCTTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGc    <  1:2348858/62‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑