| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,430,136 | C→T | pseudogene (965/1527 nt) R102H (CGC→CAC) |
lomR → insH ← |
ECK1366:JW5884+JW5904:b4570; Rac prophage region; hypothetical protein IS5 transposase and trans‑activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,430,136 | 0 | C | T | 100.0% | 253.7 / NA | 77 | pseudogene (965/1527 nt) R102H (CGC→CAC) | lomR insH | ECK1366:JW5884+JW5904:b4570; Rac prophage region; hypothetical protein IS5 transposase and trans‑activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (57/20); total (57/20) | |||||||||||
CAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAG > W3110S.gb/1430078‑1430176 | cAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCTAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGa > 1:3276937/1‑61 (MQ=255)cAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGa > 1:1726640/1‑61 (MQ=255)cAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGAt > 1:3539946/1‑62 (MQ=255)cAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGAt > 1:4543855/1‑62 (MQ=255)cAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGAt > 1:482716/1‑62 (MQ=255)cAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGAt > 1:2168160/1‑62 (MQ=255)cAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGAt > 1:1512268/1‑62 (MQ=255) gCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGgc > 1:1020380/1‑62 (MQ=255) gCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGgc > 1:3677736/1‑62 (MQ=255) gCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGgc > 1:3314821/1‑62 (MQ=255) gCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGgc > 1:3140005/1‑62 (MQ=255) gCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGgc > 1:3989774/1‑62 (MQ=255) gCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGgc > 1:4362778/1‑62 (MQ=255) gCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGgc > 1:4664626/1‑62 (MQ=255) gCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGgc > 1:2021562/1‑62 (MQ=255) gCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGgc > 1:131297/1‑62 (MQ=255) gCCAGATGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCa > 1:776071/1‑58 (MQ=14) cAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGgcgc > 1:1566641/1‑62 (MQ=255) cAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGgcgc > 1:1111797/1‑62 (MQ=255) aGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGTTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCt < 1:1274050/62‑1 (MQ=255) aGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCt < 1:3634655/62‑1 (MQ=255) aGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCt < 1:2996001/62‑1 (MQ=255) aGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCt < 1:662527/62‑1 (MQ=255) gATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATcc < 1:4014461/62‑1 (MQ=255) gATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATcc < 1:3812451/62‑1 (MQ=255) gATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATcc < 1:199063/62‑1 (MQ=255) gATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATcc < 1:636390/62‑1 (MQ=255) gATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATcc < 1:745488/62‑1 (MQ=255) gATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATcc < 1:3536821/62‑1 (MQ=255) gATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATcc < 1:1321060/62‑1 (MQ=255) gctCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATcc > 1:180364/1‑41 (MQ=255) gctCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATc < 1:1214517/55‑1 (MQ=255) gctCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATc < 1:3777957/55‑1 (MQ=255) gctCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATc < 1:416381/55‑1 (MQ=255) gctCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATc < 1:2844326/55‑1 (MQ=255) gctCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATc < 1:2213729/55‑1 (MQ=255) gctCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATc < 1:3050912/55‑1 (MQ=255) gctCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATc < 1:50495/55‑1 (MQ=255) gctCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGAt > 1:1991547/1‑62 (MQ=255) gctCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGAt > 1:1117517/1‑62 (MQ=255) gctCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGAt > 1:3810555/1‑62 (MQ=255) gctCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGAt > 1:1110399/1‑62 (MQ=255) gctCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGAGCCGGCAGGGCGCTATc < 1:293087/55‑1 (MQ=17) aGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCggg > 1:4415849/1‑61 (MQ=255) aGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCggg > 1:882556/1‑61 (MQ=255) aGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCggg > 1:692864/1‑61 (MQ=255) aGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCggg > 1:3098050/1‑61 (MQ=255) aGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCggg > 1:640553/1‑61 (MQ=255) aGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCggg > 1:1018432/1‑61 (MQ=255) aGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCggg > 1:113196/1‑61 (MQ=255) aGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCggg > 1:2718006/1‑61 (MQ=255) aGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCggg > 1:2127449/1‑61 (MQ=255) gTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCaa < 1:217925/62‑1 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACa > 1:4117630/1‑61 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACa > 1:4509988/1‑61 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAg > 1:2531038/1‑62 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAg > 1:960217/1‑62 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAg > 1:782318/1‑62 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAg > 1:1070013/1‑62 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAg > 1:1388523/1‑62 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAg > 1:1451311/1‑62 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAg > 1:208043/1‑62 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAg > 1:2271489/1‑62 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAg > 1:4617727/1‑62 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAg > 1:351051/1‑62 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAg > 1:2597314/1‑62 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAg > 1:2867026/1‑62 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAg > 1:39403/1‑62 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAg > 1:3276285/1‑62 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAg > 1:3492279/1‑62 (MQ=255) cGGAAATTCATGATGGTGGTGTGATCCGGCAGGCCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAg > 1:2736853/1‑62 (MQ=255) ggtggtGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCgg > 1:4605403/1‑40 (MQ=255) ggtggtGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCgg > 1:4533830/1‑40 (MQ=255) ggtggtGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCgg > 1:4047795/1‑40 (MQ=255) ggtggtGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCgg > 1:2764131/1‑40 (MQ=255) ggtggtGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCgg > 1:1377457/1‑40 (MQ=255) ggtggtGTGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCgg > 1:1029852/1‑40 (MQ=255) | CAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAG > W3110S.gb/1430078‑1430176 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |