BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,266,989	T→C	intergenic (‑160/‑208)	fruB ← / → setB	fused fructose‑specific PTS enzyme IIA component and HPr component/lactose/glucose efflux system

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,266,989	0	T	C	100.0%	232.2 / NA	62	intergenic (‑160/‑208)	fruB/setB	fused fructose‑specific PTS enzyme IIA component and HPr component/lactose/glucose efflux system
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (30/32); total (30/32)

TGTTTCAGCACGCAAGGAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGTTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTAATTGCTGATGGGAAA  >  W3110S.gb/2266947‑2267039

tGTTTCAGCACGCAAGGAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAAttt                                 >  1:3365878/1‑62 (MQ=255)

tGTTTCAGCACGCAAGGAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAAttt                                 >  1:1729400/1‑62 (MQ=255)

tGTTTCAGCACGCAAGGAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAAttt                                 >  1:4546768/1‑62 (MQ=255)

tGTTTCAGCACGCAAGGAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAAttt                                 >  1:1078616/1‑62 (MQ=255)

         aCGCAAGGAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtt                        <  1:4619221/62‑1 (MQ=255)

         aCGCAAGGAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtt                        <  1:272053/62‑1 (MQ=255)

         aCGCAAGGAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtt                        <  1:1559581/62‑1 (MQ=255)

         aCGCAAGGAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtt                        <  1:2614602/62‑1 (MQ=255)

         aCGCAAGGAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtt                        <  1:3848525/62‑1 (MQ=255)

         aCGCAAGGAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtt                        <  1:1967326/62‑1 (MQ=255)

         aCGCAAGGAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtt                        <  1:4200523/62‑1 (MQ=255)

               ggAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCt                  <  1:1816686/62‑1 (MQ=255)

               ggAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCt                  <  1:2410017/62‑1 (MQ=255)

               ggAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCt                  <  1:2467259/62‑1 (MQ=255)

               ggAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCt                  <  1:2472959/62‑1 (MQ=255)

               ggAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCt                  <  1:2497746/62‑1 (MQ=255)

               ggAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCt                  <  1:4276951/62‑1 (MQ=255)

               ggAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCt                  <  1:1560581/62‑1 (MQ=255)

               ggAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCt                  <  1:543527/62‑1 (MQ=255)

               ggAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCt                  <  1:3054493/62‑1 (MQ=255)

                 aaaGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtttt                      <  1:4155492/56‑1 (MQ=255)

                 aaaGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtttt                      <  1:2877269/56‑1 (MQ=255)

                 aaaGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtttt                      <  1:3865430/56‑1 (MQ=255)

                 aaaGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtttt                      <  1:2123890/56‑1 (MQ=255)

                 aaaGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtttt                      <  1:4004993/56‑1 (MQ=255)

                 aaaGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtttt                      <  1:4528800/56‑1 (MQ=255)

                     ccGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTAATTg             >  1:1923292/1‑61 (MQ=255)

                     ccGTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTAATTg             >  1:1518786/1‑61 (MQ=255)

                       gTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAt                         >  1:3936446/1‑47 (MQ=255)

                       gTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAt                         >  1:3070673/1‑47 (MQ=255)

                       gTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAt                         >  1:4657869/1‑47 (MQ=255)

                       gTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAt                         >  1:3709500/1‑47 (MQ=255)

                       gTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAt                         >  1:350193/1‑47 (MQ=255)

                       gTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAt                         >  1:845584/1‑47 (MQ=255)

                       gTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAt                         >  1:3172017/1‑47 (MQ=255)

                       gTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAt                         >  1:1177097/1‑47 (MQ=255)

                       gTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAt                         >  1:2073216/1‑47 (MQ=255)

                       gTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAt                         >  1:2114167/1‑47 (MQ=255)

                       gTAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAt                         >  1:2083151/1‑47 (MQ=255)

                        tAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTaa                >  1:1977403/1‑55 (MQ=255)

                        tAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTAAt               >  1:3190295/1‑56 (MQ=255)

                        tAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTAAt               >  1:1025091/1‑56 (MQ=255)

                        tAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTAAt               >  1:4693735/1‑56 (MQ=255)

                        tAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTAAt               >  1:4626659/1‑56 (MQ=255)

                        tAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTAAt               >  1:1315397/1‑56 (MQ=255)

                        tAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTAAt               >  1:417759/1‑56 (MQ=255)

                        tAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTAAt               >  1:2665806/1‑56 (MQ=255)

                        tAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTAAt               >  1:381571/1‑56 (MQ=255)

                        tAAAGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTCGCCATTTTTCCTAAt               >  1:4387052/1‑56 (MQ=255)

                         aaaGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTAATTGCTGAt        >  1:3558618/1‑62 (MQ=255)

                         aaaGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTAATTGCTGAt        >  1:3298890/1‑62 (MQ=255)

                         aaaGTTATGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTAATTGCTGAt        >  1:102366/1‑62 (MQ=255)

                               aTGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtt                        <  1:436240/40‑1 (MQ=255)

                               aTGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtt                        <  1:4541386/40‑1 (MQ=255)

                               aTGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtt                        <  1:1008441/40‑1 (MQ=255)

                               aTGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtt                        <  1:1157728/40‑1 (MQ=255)

                               aTGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtt                        <  1:1101023/40‑1 (MQ=255)

                               aTGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtt                        <  1:541637/40‑1 (MQ=255)

                               aTGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTAATTGCTGATGGGaaa  <  1:4178904/62‑1 (MQ=255)

                               aTGAGCAAAACCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtt                        <  1:3403304/40‑1 (MQ=38)

                                tGAGCAAAAGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCAtt                        <  1:2204107/39‑1 (MQ=255)

                                     aaaaGCTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCt                  <  1:2331092/40‑1 (MQ=255)

TGTTTCAGCACGCAAGGAAAGCCGTAAAGTTATGAGCAAAAGTTTGATGTGCTGCACAATTTTTTGCCATTTTTCCTAATTGCTGATGGGAAA  >  W3110S.gb/2266947‑2267039

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 21 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`