Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,295,450	+T	coding (347/618 nt)	tdk →	thymidine kinase/deoxyuridine kinase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,295,447	1	.	T	98.2%	148.2 / ‑4.3	56	G115V (GGT→GTT)	tdk	thymidine kinase/deoxyuridine kinase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  major base T (55/0);  minor base A (1/0);  total (56/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01

ATCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGG‑TTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAATTATT  >  W3110S.gb/1295417‑1295477                                |                               aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:707350/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1033397/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:328691/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:365434/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:367204/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:385968/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:433247/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:434783/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:46881/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:534226/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:535797/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:541101/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:69054/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:700849/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:315359/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:709340/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:748554/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:769331/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:814238/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:819734/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:822818/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:832415/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:8437/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:87098/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:881724/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:90366/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:933174/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1267385/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1034137/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1041840/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1055858/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1056832/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1073680/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1121102/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1135076/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1149415/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1153750/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1171683/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1189528/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1207808/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1215027/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:292542/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1335416/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1368680/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1369200/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1418963/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1440383/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1448252/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:163201/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:167735/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:203221/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:229172/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:248392/1‑62 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattat   >  1:364005/1‑61 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGGATTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattat   >  1:455909/1‑61 (MQ=255) aTCAACTCGATATACCAGTACTTTGTTATGGTTTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAattatt  >  1:1196285/1‑62 (MQ=255)                                |                               ATCAACTCGATATACCCGTACTTTGTTATGG‑TTTACGTACCGATTTTCGAGGTGAATTATT  >  W3110S.gb/1295417‑1295477

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑