Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	298,795	+T	coding (1364/2199 nt)	yagR ←	predicted oxidoreductase with molybdenum‑binding domain

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	298,791	1	.	T	100.0%	117.6 / NA	44	N456K (AAC→AAA)	yagR	predicted oxidoreductase with molybdenum‑binding domain
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base T (44/0);  total (44/0)

GTTTCTACGGTAACGGTGCCG‑TTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTCC  >  W3110S.gb/298771‑298827                      |                                     gTTTCTACGGTACCGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGCACCCg                  >  1:1194237/1‑42 (MQ=25) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGa                       >  1:953439/1‑37 (MQ=37) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGAt        >  1:858118/1‑52 (MQ=39) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:73171/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:289132/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:324440/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:335754/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:439313/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:441892/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:561932/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:6074/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:637197/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:666347/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:676885/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:689992/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:28019/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:810576/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:853590/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:857340/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:883754/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:890212/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:990678/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:995/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:1318369/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:1044381/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:1044822/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:1076496/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:1121217/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:1135074/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:1144580/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:1171117/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:1198841/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:1213383/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:1215165/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:1022704/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:1328659/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:1328661/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:1371951/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:157422/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:164581/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:169500/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:196648/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:248765/1‑58 (MQ=255) gTTTCTACGGTAACGGTGCCGTTTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTcc  >  1:257748/1‑58 (MQ=255)                      |                                     GTTTCTACGGTAACGGTGCCG‑TTTTGTTCGAGGTGAACCCGAGCACCCGATTTTTCC  >  W3110S.gb/298771‑298827

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑