Missing coverage evidence...
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TCCTCCCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCG  >  W3110S.gb/3088347‑3088408                                                              | tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:288104/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:909815/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:844675/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:83853/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:786850/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:751088/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:693749/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:667876/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:664354/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:628/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:623352/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:49133/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:469014/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:406473/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:303870/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:1004859/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:1215540/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:1008746/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:1021525/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:1026627/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:11475/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:272514/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:1221404/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:1263319/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:1284009/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:139761/62‑1 (MQ=255) tcctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:252706/62‑1 (MQ=255)  cctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:1385049/61‑1 (MQ=255)  cctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:699357/61‑1 (MQ=255)  cctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:706323/61‑1 (MQ=255)  cctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:1072893/61‑1 (MQ=255)  cctccCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:212895/61‑1 (MQ=255)   ctccCTTCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:1131143/60‑1 (MQ=255)                  aaGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:596975/45‑1 (MQ=255)                   aGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCg  <  1:1213658/44‑1 (MQ=255)                                                              | TCCTCCCATCGCGGAGGAAGCCACCTCTTGCAGTCATCTTTTCTTCGCTCTATCCTCTGCCG  >  W3110S.gb/3088347‑3088408

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑