Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3089940	3089945	6	24 [0]	[0] 21	yggJ	hypothetical protein

CGTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCTTT  >  W3110S.gb/3089879‑3089939                                                             | cgTACTGCGCATGGGGCTGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:1019293/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:442974/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:924470/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:922870/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:875053/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:866478/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:766372/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:725645/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:69441/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:687100/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:685414/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:648466/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:52749/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:409125/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:343124/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:202705/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:1467229/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:1456346/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:139448/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:1167079/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:1063928/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:1047845/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:1038/1‑61 (MQ=255) cgTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCttt  >  1:1034178/1‑61 (MQ=255)                                                             | CGTACTGCGCATGGGGCCGGGGCAGGCGTTGCAATTGTTTGACGGTAGCAACCAGGTCTTT  >  W3110S.gb/3089879‑3089939

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑