Missing coverage evidence...
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TGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTT  >  W3110S.gb/3171057‑3171118                                                              | tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:542661/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:215371/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:294402/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:311079/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:331919/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:44699/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:453255/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:520634/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:52218/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:539704/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:1033849/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:644427/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:655160/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:778403/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:807136/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:840324/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:846555/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:849652/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:963896/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:184706/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:1033820/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:1038597/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:1045674/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:1050692/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:1171036/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:1192841/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:1243092/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:1271870/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:1319062/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:1325165/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:135422/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:1368611/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:1372455/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:1381311/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:1422134/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:1450949/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:162165/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAttt  >  1:187411/1‑62 (MQ=255) tGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGAACAttt  >  1:98068/1‑62 (MQ=255)                                                              | TGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTT  >  W3110S.gb/3171057‑3171118

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑