Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3346528	3346652	125	21 [0]	[0] 27	ptsN	sugar‑specific enzyme IIA component of PTS

AGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCT  >  W3110S.gb/3346466‑3346527                                                              | aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:233993/62‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:96411/62‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:953313/62‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:889242/62‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:823992/62‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:776734/62‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:37239/62‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:316995/62‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:244931/62‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:1031608/62‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:204983/62‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:204777/62‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:1436358/62‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:1398474/62‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:1233783/62‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:1189000/62‑1 (MQ=255) aGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:1187244/62‑1 (MQ=255)  gtgtTCTTAACAGGGGATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:1171610/61‑1 (MQ=255)  gtgtTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:368775/61‑1 (MQ=255)  gtgtTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:470330/61‑1 (MQ=255)                    gTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCt  <  1:1052937/43‑1 (MQ=255)                                                              | AGTGTTCTTAACAGGGAATGTACGCGAAGCCGCGTCCACTGTCAGAGCAAAAAACGCGCCCT  >  W3110S.gb/3346466‑3346527

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑