Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3540602	3540701	100	80 [0]	[0] 19	rhaB	rhamnulokinase

CCAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGCACCA  >  W3110S.gb/3540540‑3540601                                                              | ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:476504/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:631054/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:606637/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:580503/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:57972/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:56908/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:545376/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:540428/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:530600/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:515821/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:647425/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:471208/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:456299/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:432271/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:426323/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:410494/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:395758/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:380422/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:37133/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:1006841/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:856163/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:995025/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:980952/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:972410/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:968613/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:924105/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:897568/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:884857/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:861947/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:85848/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:36523/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:85575/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:833212/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:787469/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:763357/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:739005/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:726961/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:677514/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:650666/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:1167101/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:351285/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:1386576/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:138169/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:1371393/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:1359130/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:1345916/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:1292511/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:1284514/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:1203117/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:1393628/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:1141465/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:1125585/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:1111293/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:1109728/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:1101109/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:1077709/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:1050974/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:1017003/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:1013077/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:236992/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:34943/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:344039/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:312406/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:306035/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:274837/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:272509/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:266850/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:263196/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:1449010/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:232969/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:230149/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:223849/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:219312/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:195780/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:178462/62‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  >  1:154393/1‑62 (MQ=255) ccAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:1461310/62‑1 (MQ=255)  cAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:1101891/61‑1 (MQ=255)  cAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:389050/61‑1 (MQ=255)                           acaaTGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGcacca  <  1:655309/36‑1 (MQ=255)                                                              | CCAGTTAATGACGCTGGATGAACTCAACAATGTGGATGATTTCCGTCAGGTCGTCAGCACCA  >  W3110S.gb/3540540‑3540601

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑