Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3541507	3541635	129	54 [0]	[0] 48	rhaA	L‑rhamnose isomerase

CCTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGATTT  >  W3110S.gb/3541469‑3541506                                      | ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:682799/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:47622/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:483984/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:512598/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:520772/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:525319/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:527008/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:551744/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:565123/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:567187/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:572106/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:609962/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:619093/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:644274/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:464442/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:733539/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:80814/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:86320/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:875732/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:878043/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:878592/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:892648/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:90839/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:926044/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:935622/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:939608/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:960834/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:1436307/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:1075663/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:1080319/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:1087812/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:1101152/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:1151983/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:1209579/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:1246426/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:1267288/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:1272195/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:1365423/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:1368584/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:1402889/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:143291/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:1046053/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:155392/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:171557/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:171639/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:171687/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:223816/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:282890/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:315479/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:315724/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:323123/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:399432/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:463830/38‑1 (MQ=255) ccTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGAttt  <  1:464257/38‑1 (MQ=255)                                      | CCTGGACGCCGGGCACTTCCACCCGACTGAAGTGATTT  >  W3110S.gb/3541469‑3541506

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑