Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3654334	3654361	28	29 [0]	[0] 40	argX/yifK	tRNA‑Arg/predicted transporter

GAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGATAATA  >  W3110S.gb/3654272‑3654333                                                              | gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:431420/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:999405/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:984192/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:900242/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:896050/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:892953/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:872305/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:825540/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:675338/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:653364/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:608028/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:544867/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:474224/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:461482/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:1166284/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:388970/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:386000/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:332040/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:326007/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:254211/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:1436619/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:1421618/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:1420007/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:1391377/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:1325242/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:1299644/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:1245248/62‑1 (MQ=255) gAGGGCAGCGCGCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:197100/62‑1 (MQ=255)  aGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGataata  <  1:503559/61‑1 (MQ=255)                                                              | GAGGGCAGCGCTCTATCCAGCTGAGCTACGGGCGCTTAGCGCCGTTGCGGGGGTGGATAATA  >  W3110S.gb/3654272‑3654333

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑