Missing coverage evidence...
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TCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGT  >  W3110S.gb/3686144‑3686205                                                              | tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:518336/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:108045/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:321534/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:390977/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:397040/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:416625/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:430982/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:439997/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:446423/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:285622/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:580562/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:589492/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:589579/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:642145/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:657108/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:702736/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:752766/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:883675/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:1311580/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:898524/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:1135541/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:1158346/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:1200572/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:1216613/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:1247094/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:1297875/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:1339782/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:1359741/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:1402446/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:143101/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:19934/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:227517/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:283017/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCAGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:443958/62‑1 (MQ=255) tCTTGAGAAACAGAA‑TTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:1257409/61‑1 (MQ=255)  cTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:1101246/61‑1 (MQ=255)               aTTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAATGt  <  1:30205/48‑1 (MQ=255)                  ttGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGt  <  1:1086946/45‑1 (MQ=255)                                                              | TCTTGAGAAACAGAATTTTGTGCTGTTATTCATTGTCTGCTCCTCGGTTATGTTTTTAAGGT  >  W3110S.gb/3686144‑3686205

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑