Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3962889	3962899	11	58 [0]	[0] 35	yhjG	predicted outer membrane biogenesis protein

ATTTCCGCTCTGGTAACACCCGTGTTGCTTTTGATGGCGTCGTGAATGACCCAATGAAGATG  >  W3110S.gb/3962827‑3962888                                                              | aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:686361/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:308594/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:332562/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:368266/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:370133/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:376371/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:409132/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:422335/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:432107/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:434065/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:472185/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:47632/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:620131/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:669805/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:682930/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:305398/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:688275/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:691773/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:738399/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:784941/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:802039/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:806501/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:813619/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:820927/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:826966/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:866055/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:866805/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:908564/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:914421/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1262420/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:100647/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1030317/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1067132/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1077068/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1114822/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1126076/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1142361/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1145370/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1175063/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1180256/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1196894/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1213628/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1229683/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1246338/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1005055/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1312717/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1344985/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1361981/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1375987/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1412265/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:1431328/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:170298/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:176227/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:181454/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:181940/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:186812/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:208476/1‑62 (MQ=255) aTTTCCGCTCTGGTAACACCCTTGTTGCTTTTGATGGCGTTGTGAATGACCCAATGAAGATg  >  1:300060/1‑62 (MQ=255)                                                              | ATTTCCGCTCTGGTAACACCCGTGTTGCTTTTGATGGCGTCGTGAATGACCCAATGAAGATG  >  W3110S.gb/3962827‑3962888

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑