Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4039756	4039847	92	35 [0]	[0] 34	rpoH	RNA polymerase, sigma 32 (sigma H) factor

CGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCT  >  W3110S.gb/4039694‑4039755                                                              | cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAGGCt  <  1:624917/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:434053/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:998820/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:977014/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:897902/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:835460/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:814187/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:767506/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:746526/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:720397/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:66648/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:656921/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:621838/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:595233/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:521726/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:1011207/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:390464/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:1087486/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:1095523/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:1097494/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:1153028/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:1193026/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:1232684/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:1272134/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:1374295/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:1374365/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:1409664/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:163494/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:181723/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:252550/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:34366/62‑1 (MQ=255) cGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:403852/62‑1 (MQ=255)  gggCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:710763/61‑1 (MQ=255)  gggCAGCTAACGCGTGGACGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:683203/61‑1 (MQ=255)           aCGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCt  <  1:555932/52‑1 (MQ=255)                                                              | CGGGCAGCTAACGCGTGGCCGATGTTGTCGGCTGACGAGGAGCGGGCGCTGGCTGAAAAGCT  >  W3110S.gb/4039694‑4039755

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑