Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	39877	40548	672	9 [0]	[0] 16	[caiA]–[caiT]	[caiA],[caiT]

CCCGGTTTGCTCATATCAACAAACCATTCGGTGTAGACAGGTTTGTCCGGAGAAGCCCCGTC  >  W3110S.gb/39815‑39876                                                              | cccGGTTTGCTCATATCAACAAACCATTCGGTGTAGACAGGTTTGTCCGGAGAAGCCCCGTc  <  1:1024038/62‑1 (MQ=255) cccGGTTTGCTCATATCAACAAACCATTCGGTGTAGACAGGTTTGTCCGGAGAAGCCCCGTc  <  1:1024267/62‑1 (MQ=255) cccGGTTTGCTCATATCAACAAACCATTCGGTGTAGACAGGTTTGTCCGGAGAAGCCCCGTc  <  1:1087491/62‑1 (MQ=255) cccGGTTTGCTCATATCAACAAACCATTCGGTGTAGACAGGTTTGTCCGGAGAAGCCCCGTc  <  1:45107/62‑1 (MQ=255) cccGGTTTGCTCATATCAACAAACCATTCGGTGTAGACAGGTTTGTCCGGAGAAGCCCCGTc  <  1:537823/62‑1 (MQ=255) cccGGTTTGCTCATATCAACAAACCATTCGGTGTAGACAGGTTTGTCCGGAGAAGCCCCGTc  <  1:633969/62‑1 (MQ=255) cccGGTTTGCTCATATCAACAAACCATTCGGTGTAGACAGGTTTGTCCGGAGAAGCCCCGTc  <  1:735805/62‑1 (MQ=255) cccGGTTTGCTCATATCAACAAACCATTCGGTGTAGACAGGTTTGTCCGGAGAAGCCCCGTc  <  1:776778/62‑1 (MQ=255) cccGGTTTGCTCATATCAACAAACCATTCGGTGAAGACAGGTTTGTCCGGAGAAGCCCCGTc  <  1:707531/62‑1 (MQ=255)                                                              | CCCGGTTTGCTCATATCAACAAACCATTCGGTGTAGACAGGTTTGTCCGGAGAAGCCCCGTC  >  W3110S.gb/39815‑39876

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑