Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4505164	4505193	30	31 [0]	[0] 51	yjgX yjgX	ECK4266:JW5764+JW4234+JW5763:b4575; KpLE2 phage‑like element; hypothetical protein ECK4266:JW5764:b4276; KpLE2 phage‑like element; hypothetical protein, N‑ter fragment

CGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATCC  >  W3110S.gb/4505102‑4505163                                                              | cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:277885/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:965063/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:924434/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:837526/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:758307/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:741497/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:73041/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:623915/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:593603/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:583993/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:486356/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:445728/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:420695/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:415725/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:407405/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:308344/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:1009137/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:160973/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:137293/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:136709/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:1309034/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:1274001/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:1256379/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:1231667/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:122260/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:1210923/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:1177024/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:1134979/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:1134032/62‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:1061980/62‑1 (MQ=255)       ccGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATcc  <  1:1153969/56‑1 (MQ=255)                                                              | CGGGTGCCGTATTCAGCCACGGTGTGGTTGGTACGGGATAGTCATACACTGACATATAATCC  >  W3110S.gb/4505102‑4505163

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑