Missing coverage evidence...
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CAGCCACAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCT  >  W3110S.gb/452272‑452328                                                         | cagccaCATGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:1025611/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:609297/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:39721/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:433364/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:436526/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:456948/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:475654/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:477997/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:513254/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:543026/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:561486/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:577187/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:28303/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:664792/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:665185/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:690831/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:734178/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:781787/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:801234/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:808186/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:905621/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:1447362/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:1016023/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:1085214/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:1089376/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:1144608/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:1209714/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:1314208/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:1374092/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:1403772/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:392288/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:151085/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:157318/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:184147/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:211709/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:226284/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:239665/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:252259/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:261523/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCt  >  1:1002802/1‑57 (MQ=255) cagccaCAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAAACCAGCACGCt  >  1:1370096/1‑57 (MQ=255)                                                         | CAGCCACAGGGCTAGGCCGCCGGAAACCAGCATCCCTAAACGGTAACCCAGCACGCT  >  W3110S.gb/452272‑452328

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑